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marray package是利用controlCode的表格來記錄control的點。
預設的controlCode，你可以在R利用以下指令看到:
>library(marray)
>controlCode
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如何在Mac OSX 10.5上設定xgrid可讀取client的資料

設定Mac OSX 10.5的xgrid後，使用者會發現，雖然能submit job給xgrid，但是卻無法讓xgrid讀取本機上的資料，這是因為OSX 10.5對於安全性的要求又更加嚴格了，不允許外部隨意讀取本機資料。
如要開放資料夾供xgrid讀取的話，你必須鍵入以下的指令，編輯xgridagentd_task_nobody.sb
> sudo vi /usr/share/sandbox/xgridagentd_task_nobody.sb
 
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在bioconductor中讀取gpr檔發生錯誤的解決方案


當你在bioconductor中下
>read.GenePix("xxx.gpr")
發生錯誤訊息:
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SAM(Significance Analysis of Microarrays)是一種用來尋找microarray中顯著基因的統計工具，是由VB撰寫而成的Excel增益功能，由於該程式是用VB寫的，所以目前只有Windows版本可用，其它作業系統還沒有支援。在Office的版本上，也只支援到2007以前的版本，雖然在Office 2007上可以安裝成功，但是卻無法使用。

 

本篇文章只討論SAM的安裝與使用，關於演算法的部份，未來有機會再以其他文章介紹。

 

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mpiBLAST之建置與效能評估

簡介:

mpiBLAST是一開放原始碼的平行化BLAST程式，mpiBLAST將資料庫切割，並將切割後的數個子資料庫分派給計算叢集中的每個節點，每個節點均被分到一個唯一的子資料庫。資料庫分割後，讓每個節點只需搜尋資料庫中較小的子集，期望能將所需搜尋的資料全部都能存於記憶體(RAM)中，減少磁碟存取(disk I/O，disk I/O耗費的時間遠大於RAM存取的時間)，以增加BLAST的效能。

但是，mpiBLAST在進行資料庫切割、分配子資料庫與工作、傳輸資料、收集彙整節點所產生之結果上，均花費額外的時間，因此，本次實習主要在測試在不同資料庫、不同節點數量、不同長度序列上mpiBLAST效能的差異。

 

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在JBuilder上安裝Jython

下載完成後，請先進入cmd，然後進入安裝檔所在的目錄下，鍵入java -jar jython_installer-2.x.x.jar。
此時會跳出安裝畫面，過程中，安裝程式會詢問你jdk所在位置，選擇JBuilder目錄下的jdk，然後，jython即會安裝在JBuilder下。
這樣就能使用了嗎??
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JBuilder 原本vmmemmax只支援到1G以下。
在JBuilder2006\bin\jbuilder.config 的 vmmemmax 預設為 75%
理論上，當你的記憶體超過1.33G時，就會超出1G的極限而無法運行
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